1、肥料利用率低
充足、适宜的肥料是保证树体茁壮成长、高产优质以及增强土壤肥力的基础和有效手段。目前，肥料的利用率很低，氮、磷、钾肥的利用率仅分别为25%-80%，5%-10%，40%-70%，究其原因主要有：
直接原因：施用量不当（过多或缺乏），施用时期，地块（土壤类型及其理化性状）方法或所用肥料不对症。
间接原因：肥料在土壤中淋失、侵蚀、挥发、反硝化（少量）、固定等原因造成的损失。
因此，针对这些原因，采取科学的对策、合理的栽培技术，是苹果树生产实践中增加元素有效性提高肥效，降低成本，减少污染，提高经济效益，所急需解决的重要问题。
2、有机肥与无机肥配合施用的问题
自化肥问世以来，就以其营养元素含量高，肥效快，增产效应明显，用量少、使用方便、经济效益高等优点而迅速得到大量应用。与此同时，消耗能源、易造成污染，长期使用易恶化土壤理化性状及结构的缺点，也常常遭到非议。有机肥能改善土壤理化性状和结构，特别是土壤的物理性状可在培肥地力。利用农作物、人蓄粪便及城市废料制成的有机肥，优点是成本低，对诸如镉镍等，重金属有减毒效果，不易造成污染，缺点是养分含量低，用量大，远距离运输成本高，增加品质的效应较明显，但增产效应不够显著等。根据树种及苹果园条件的不同，筛选有效的有机、无机肥源和肥料形式，确定二者结合使用的适宜的量、比例、施肥时期、施肥方法等，以此达到改良土壤培肥地力高产、优质、高效的效果。
3、元素间不平衡及营养失调问题
元素不平衡及营养失调问题，除我们平时观察到的苹果树某一组织部位（如果实、叶片、根系）等所表现的元素缺乏或过多造成中毒的症状外，实际上还包括症状未表现，但苹果树体内营养已失调以及树体各组织部位间元素的不平衡问题。对元素不平衡及营养失调问题的解决依赖于诸多措施的配合。叶片分析对施肥的指导是解决这一问题的有效方法。
