土壤被污染主要是化肥和农业的施加，农耕作物自然生长，是有自然周期的，现如今，我们一年四季都可以吃到新鲜的蔬菜。这是因为人们进行人工种植，追加了大量的农药，破坏了土壤，杀死土壤里的微生物。土壤中微生物都是能够净化土壤的，如蚯蚓，就是可以松土净化土壤。现在普通农田里的蚯蚓很少见了吧！
化肥对土壤的危害：
化肥对农作物有增产作用，但是它们对土壤也有危害。
磷酸钙含有大量的游离酸，连续大量施用，会造成土壤酸化。钙镁磷肥含有25%-30%的石灰，大量施用会使土壤碱性加重和理化性质恶化。
过量施用磷酸钙，会使土壤里的锌与过量的磷作用，产生磷酸锌沉淀，作物无法吸收。
过量施用钙镁磷肥，过剩的磷又会与土壤中的镁作用，产生作物不能吸收的氢氧化镁，造成作物缺镁。适量施用磷肥，会促进作物对钼的吸收，但过量施用磷肥，却会使磷和钼失去营养平衡，影响作物对钼的吸收，表现出“缺钼症”。
据研究，过量施用磷肥后，还会造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特别是对喜硅的禾本科作物的影响更大。土壤含磷量过高，作物吸磷越多，导致植株呼吸作用过于旺盛，消耗的干物质大于积累的干物质，造成繁殖器官提前发育，引起作物过早成熟，籽粒小，产量低。
向土壤中过量施入钾肥时，钾肥中的钾离子置换性特别强，能将形成土壤团粒结构的多价阳离子置换出来，而一价的钾离子不具有键桥作用，土壤团粒结构的键桥被破坏了，也就破坏了团粒结构，致使土壤板结。
向土壤中施入微生物肥料，微生物的分泌物能溶解土壤中的磷酸盐，将磷素释放出来，同时，也将钾及微量元素阳离子释放出来，以键桥形式恢复团粒结构，消除土壤板结。
以上导致：土壤表层因缺乏有机质,结构不良,在灌水或降雨等外因作用下结构破坏、土料分散,而干燥后受内聚力作用使土面变硬。土壤板结会导致透气性下降，这样就会使得根吸收到的氧气减少，直接导致的结果就是根系的有氧呼吸减弱甚至进行无氧呼吸，然后就是根系提供的能量减少，这样就很不利于植物的生长！
改善土壤，种植有机农作物，可以为土壤补充丰富的有机质以及养分。施肥不是给农作物施肥，而是给土壤施肥，很多人为了加快农作物生长，误认为多施肥有助于作物的生长。
土壤中有机物质补充不足，土壤有机质含量偏低、结构变差，影响微生物的活性，从而影响土壤团粒结构的形成，造成土壤的酸碱性过大或过小，导致土壤板结。土壤改良多用有机肥，肥力和土壤中有机质的含量有很大关系，而有机肥就可以为土壤补充丰富的有机质以及养分。
另外土壤中有着庞大的有益微生物菌群系统，这些微生物肩负着分解土壤养分、抑制病原菌、提高肥料利用率等使命。益生菌的繁殖需要依托有机养分，因此补充益生菌时可以与有机肥混用施加，或者直接用益生菌含量丰富的农沃绿生物菌肥。能够起到以菌抑菌、强力生根、修复土壤、聚集养分的作用；还可以改善深层土壤理化性状，提高土壤供肥能力和养分的有效利用；为菌群存繁提供全面营养和优良环境。
