化肥、农药作为农业生产的一大催化剂，在给农作物带来丰产的同时，也给农业带来一些负面影响。
看不见的土壤污染所生产出的农产品已摆上人们的餐桌：如“瓜不甜、菜不香、果无味、有毒豇豆”等问题摆在了人们的面前，因此，解决土壤污染问题已势在必行。
过量施用化肥，导致土壤板结、酸化加剧、盐碱化严重，而且导致肥料利用率极低，地下水遭受污染，作物长势差，品质下降，效益低。
化肥施用过量的危害
1. 削弱作物生产能力
作物和人一样，吃得太饱不仅不利于成长，而且会不利于健康。据全国测土配方施肥专家组组长、中国农业大学资源与环境学院院长张福锁教授介绍，施肥过量对庄稼造成危害的结果主要有两个：一个是容易倒伏，倒伏一旦出现，就必然导致粮食减产。二个是容易发生病虫害，氮肥施用过多，会使植物抗病虫能力减弱，易遭病虫侵染。
2. 加剧环境污染
化肥利用效率下降，造成的直接后果是农田环境污染。自1994年以来，中国农业大学的专家在北京、山东、陕西等地的20个县600多个点位的抽样调查显示，在北方集约化的高肥用量地区，20%的地下水硝酸盐含量超过国家饮用水硝酸盐含量限量标准(每升硝酸盐含量89毫克)，45%地下水硝酸盐含量超过主要发达国家饮用水相关限量指标。除此之外，因化肥中含有重金属、酸根等物质，其对环境的影响是多方面的。
3. 浪费大量紧缺资源
4. 长期施用化肥易给土壤结构及理化性质造成危害
（1）增加土壤重金属和有毒元素
产生污染的重金属主要有Zn、Cu、Co和Cr。研究表明，无论是酸性土壤、微酸性土壤还是石灰性土壤，长期施用化肥还会造成土壤中重金属元素的富集。如长期施用硝酸铵、磷酸铵、复合肥，可使土壤中As的含量达50~60 mg/kg。
（2）加剧土壤酸化
长期施用化肥加速土壤酸化。一方面与氮肥在土壤中的硝化作用产生硝酸盐的过程有关。首先是铵转变成亚硝酸盐，然后亚硝酸盐再转变成硝酸盐，形成H+，导致土壤酸化。另一方面，一些生理酸性肥料如磷酸钙、硫酸铵、氯化铵，在植物吸收肥料中的养分离子后，土壤中H+增多，许多耕地土壤的酸化与生理性肥料长期施用有关。同时，长期施用KCl，因作物选择吸收所造成的生理酸性的影响，能使缓冲性小的中性土壤逐渐变酸。
（3）导致土壤养分失调
从土壤养分平衡和持续利用等方面着眼，可以清楚地看到化肥的高浓度化既带来了经济效益的提高又带来了新的问题，即大量高浓度肥料的使用，增加了作物产量，同时也加大了土壤中微量元素的耗竭。
（4）破坏土壤结构
长期大量地使用氮肥特别是大量施用铵肥，铵离子进入土壤后在其硝化作用的过程中释放出氢离子，使土壤逐渐酸化。铵离子能够置换出土壤胶体微粒上起联结作用的钙离子，造成土壤颗粒分散，从而破坏了土壤团粒结构，致使土壤严重板结，最终丧失了农业耕种价值。
如何应对化肥过量的危害
1. 在作物施肥上要一改过去传统方式，变盲目施肥为优化配方施肥。
2. 要加强和完善配方施肥中的各项技术措施。在配方施肥过程中要充实完善施肥参数，如单位产量养分吸收量、土壤养分利用率、化肥利用率等，这些参数随生产条件的变化亦在不断改变，在原来化验土壤、植物营养需求的基础上，新增环境条件分析项目(如水质、土壤有害物质含量、化肥农药污染等)，来不断充实完善施肥参数，优化配方施肥。
3. 要增加有机肥在配方施肥中的比重。有机肥具有养分全、肥效长、无污染的特点，高效有机肥可增加土壤有机质含量，提高土壤蓄水、保肥能力，改善土壤的理化性状和团粒结构，提高农产品品质。
4. 要加大对微肥及生物肥的利用。微肥能平衡作物所需的养分，而生物肥料如金宝贝微生物菌肥能通过自身所含有的微生物分泌生理活性物质，能起到固氮、解磷、解钾、分解土壤中的其它微量养分，提高化肥和有机肥的利用率，改善土壤的理化性状，使土壤能供给作物各种养分，促进作物生长，提高作物产量和产品品质，同时还能分解土壤中的有害化学物质和杀死有害菌群，减少化肥、农药的残留量及有害病菌。
5. 要协调大量元素与微量元素之间的关系。人们在配方施肥中，往往重视氮、磷、钾等大量元素的使用，而忽视了微量元素肥料的施用。增施微量元素或喷施微量元素生长剂及复合生物生长剂，都能使养分平衡供应，促进作物体内营养快速转化，减少有害物质的积累，是促使作物抗病、防病并增加产量、提高品质的好方法。
