一、指代不同
1、有机肥：主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。
2、生物有机肥：是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
二、特点不同
1、有机肥：经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质。包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长。
2、生物有机肥：生物有机肥中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成相互间的共生增殖关系，抑制有害菌生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，起到群体的协同作用，有益菌在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物。
促使有机物的分解转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。
三、优势不同
1、有机肥：可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
2、生物有机肥：生物有机肥回收利用农业废弃物，减少环境污染，对人、畜、环境安全、无毒，是一种环保型肥料。
