1、提高产量与品质
微生物菌剂能够为农作物提供大量的营养元素，促进作物的生长。而且很多微生物还能够分泌出赤霉素、细胞分裂素等各种活性物质，对种植植物的生长法乐是非常有利的，可达到增产的目的。而且微生物菌剂还能够提高作物的品质。有过专业数据调查显示，在使用了微生物菌剂之后，农作物中的蛋白质、氨基酸等营养元素含量有效提高。对作物的果实、籽粒等发育都能够起到很大的帮助。
2、增强作物抗逆性
在大部分的微生物菌剂中，微生物都有着能够分泌抗生素类物质的作用。其中包含的活性酶，对细菌有着极强的抑制性，甚至可以将其杀死。因此不仅能够降低作物病虫害的发病率，还能够提高作物的抗逆性。例如在使用了微生物菌剂之后，农作物的抗寒抗旱甚至是抗倒伏能力都有所增强。同时还能够有效的减少一些生理性病害，避免在种植中产生一些不必要的损失。
3、提高化肥利用率
微生物菌剂中含有的微生物大部分都是可以将土壤内有机物质分级的。在分级有机质的时候，会逐渐形成腐殖酸。而腐殖酸又会和土壤内的氮元素相结合形成一种腐殖酸铵，能够明显的降低氮肥流失量。除此之外，还有一些微生物菌剂能够将土壤内已经固化的磷钾肥分解成速效磷钾肥。从而提高化肥的利用率，不仅降低了肥料投入成本，还能够避免浪费过多资源。
4、改善土壤养分
微生物菌剂中的有效菌能够将土壤内一些难溶性的养分进行溶解，从而提高土壤的养分含量，是作物有更多的营养。有效菌还能够分泌出许多胞外多糖物质。这种物质主要作用是能够将土壤内的团粒结构粘合在一起，提高土壤的疏松度、通透性等。从而减少水土流失，改善土壤养分。将土壤内的潜在养分活化，提高土壤的肥力，促使作物健康生长。
