生理病害
棚内长期大水漫灌，导致深层土壤中可溶性盐碱随水蔓延到地表，并且大量化学肥料的使用更加剧了盐碱化的产生，往往造成种植不久，棚内幼苗就开始死棵烂苗，这种死苗往往不是由病菌直接引起，更多的是沤根死苗。
成株以后最容易辨别，例如贴近地面的地上茎开始长小疙瘩，滋生气生根，往往是由于土壤盐碱过重，不适合根系生长与呼吸造成的。扒开土壤，露出根系，相信绝大部分进过大棚的人都知道，拳头大小的根系支撑着一人多高的植株。
建议：小水勤浇、少浇，以水流贴地皮走为宜，若是已经成株，减少冲施肥的使用，增加叶面施肥的用量，可大大改观作物生长状况。
还有就是土壤问题，这个就不光是盐碱化的问题，更多的是一些不当的农事操作对土壤的破坏，其中最严重的就是焖棚。用什么焖棚呢？棉隆、氯化苦、溴甲烷等等，全都是不分青红皂白，真菌、细菌、虫子、种子一概灭杀那种，焖完棚再人为补充菌肥菌剂之类的，这样会破坏大棚内的生态微环境。所以焖棚有风险，使用需谨慎！！！
侵染病害
这个问题在冬季大棚里面，经常听农民提到，隔几天就得打一遍药，也没有串棚啥的，就是打了又上来，反反复复，直到都有抗性了，还是治不好。这不能怪农民操作不好，确实很多理论上的情况是他们考虑不到的，这也是造成病害屡治不绝的病因，这类病害基本都是真菌病害为主，其他病害较少。
其实原因也非常简单，打药确实打得非常仔细，喷得非常透彻，但是有一些地方忽略了，这些地方就是塑料棚膜覆盖的地方，即棚壁与棚顶。这些地方几乎一直残留有很多水珠，病菌孢子就有很多隐藏在里面，等到水分越积越多，就随着水珠掉落下去一部分，成为二次侵染的侵染源。
建议：不是特别赞同使用烟剂，一来危险性比较大，二来造成棚内温度升高，氧气减少，植株生长不良。
可以在喷药之前，使用家用带杆的，擦玻璃窗户用的那种工具，蘸药液擦拭整个塑料薄膜内壁，连擦两遍，不留死角，然后再喷雾，基本可以保证这一茬作物不再受同种病害侵染，前提是不从外部再弄进去新的菌源孢子之类的。
